Файлы fastq не содержат в себе аннотированных вариантов последовательности ДНК; для получения списка вариантов они должны пройти еще несколько стадий биоинформатической обработки.

Каждая лаборатория имеет свой пайплайн (набор программ и скриптов для обработки данных секвенирования), который является интеллектуальной собственностью компании и не подлежит разглашению. Единой пользовательской программы для просмотра и анализа данных в формате fastq не существует. Мы не рекомендуем открывать fastq-файлы с помощью текстовых редакторов или печатать их ввиду нецелесообразности и большого размера файлов.