Уточнить клиническую значимость генетического варианта, выявленного при исследовании экзома или генома обследуемого, можно с помощью функционального анализа. Он помогает понять, влияет ли этот вариант на работу гена или белка, за который отвечает этот ген. Однако большое разнообразие типов вариантов и механизмов их возможного воздействия на функцию белка приводит к широкому спектру методов и иногда сложному алгоритму экспериментов, которые нужны для выполнения этого исследования. Чтобы понять, насколько сложно и как именно можно провести функциональный анализ для конкретного генетического варианта, можно заказать индивидуальное исследование возможности функционального анализа.
Сотрудник Научного отдела ГЕНЕТИКО проведет биоинформатический анализ варианта, изучит научные публикации, составит алгоритм действий и предоставит отчет с подробным планом экспериментов, которые необходимо провести для выявления влияния варианта на функцию гена/белка. В отчете будут представлены методики со ссылками на соответствующие научные опубликованные материалы, последовательность действий, описаны необходимые биообразцы разных членов семьи для каждого эксперимента и другие подробности. В случае, когда функциональный анализ слишком сложен и состояние научных знаний в настоящее время не позволяет провести его эффективно, в отчете будет подробно описано, с какими именно сложностями невозможно справиться в данный момент.
Для проведения исследования необходимо предоставить информацию об исследуемом генетическом варианте в виде заключения генетической лаборатории о его обнаружении у пробанда (обследуемого с заболеванием, для которого этот вариант может быть причиной). Если есть данные о подтверждении носительства этого варианта у других членов семьи, эта информация поможет более эффективно составить отчет. Также необходимо предоставить данные о наличии других генетических вариантов, которые отмечены ранее, как имеющие отношению к фенотипу пробанда. Знания о семье пробанда и его родословной (сколько и каких кровных родственников, есть ли среди них кто-то с похожими симптомами или установленным диагнозом, чей биоматериал доступен для анализа) приведет к формированию более подробного и персонализированного отчета с учетом сложившейся на момент запроса исследования ситуации в семье. Для сбора этой информации в стройную картину можно прийти на консультацию к врачу-генетику, который задаст нужные вопросы, проверит медицинские документы и составит родословную с указанием необходимых данных про каждого родственника.
В результате исследования вы получите «дорожную карту» необходимых для подтверждения каузативности («причинности») варианта экспериментов, которая может помочь разобраться в этой задаче, подготовить вопросы врачу-генетику, оценить объем действий и затрат, а также вернуться к этому плану тогда, когда у вас будет соответствующая возможность. Потому что для некоторых вариантов путь функционального уточнения патогенности может оказаться довольно длинным и тернистым.
