VUS — Вариант неизвестного клинического значения

Что такое вариант неизвестного клинического значения?

VUS — это вариант неизвестного клинического значения, от английского сокращения Variant of Unknown Significance.  А GUS — это ген с неизвестным значением, то есть вариант найден в гене, для которого не выявлено чёткой ассоциации с заболеванием или фенотипом.Варианты классифицируют по патогенности: патогенный / вероятно патогенный / вероятно доброкачественный / доброкачественный / вариант с неизвестным клиническим значением. Сама классификация основана на критериях, выработанных международным сообществом медицинских генетиков, чтобы не было субъективности в определении патогенности.
Буквально расписан каждый признак варианта, каждая характеристика. Критерии имеют свою силу: есть сильные критерии, есть средние и вспомогательные. К примеру, если частота варианта низкая, то, грубо говоря, мы ему ставим столько-то баллов по патогенности, а если частота выше, то поменьше баллов начисляем. Если он очень частый, то никаких баллов по патогенности не ставим. И потом мы смотрим на общую картину в виде суммы баллов по разным критериям. Когда информации о варианте недостаточно для отнесения в сторону патогенности или доброкачественности в рамках классификации по этой международной системе, вариант относят к VUS.

Как часто встречаются варианты неизвестного клинического значения?

Когда мы интерпретируем данные полногеномного или полноэкзомного секвенирования, то все генетические варианты человека по умолчанию считаются ВУСами. По статистике, у здорового взрослого человека от 1 до 10 из них могут оказаться патогенными, но рецессивными: человек только носитель. Если человек формально здоров, у него нет никакого клинического фенотипа, то VUS не может появиться у него в заключении. Если у человека есть заболевание, то среди вариантов мы будем искать те, которые подходят по фенотипу, попадают в клиническую картину. Чем больше у нас клинической информации о пациенте, тем эффективнее будет интерпретация данных. И в таких ситуациях VUS может быть вынесен в заключение в соответствии с международными рекомендациями по интерпретации данных NGS.

Картинка со схемой pie (название: картинка1 в письме во вложениях)

Может ли VUS повлиять на заключение, постановку диагноза?

Мы не можем сказать, что вариант неизвестного клинического значения является причиной заболевания. Первоначально мы выносим его как VUS, а затем можем реклассифицировать, если есть возможность узнать о нём больше. Это зависит от того, доступны ли родственники для анализа, есть ли в семье другие случаи с подобными фенотипами и так далее.
Для аутосомно-доминантных заболеваний в большинстве случаев варианты проверяется наследование от родителей. Если у ребенка с тяжелым фенотипом находим VUS, а у родителей его не находим, это позволяет нам подтвердить, что вариант возник de novo. В таком случае мы можем считать этот вариант причиной заболевания с высокой вероятностью и отнести к вероятно патогенным в соответствии с международной классификацией.

Как генетики обмениваются информацией о VUS?

Есть базы данных. Но в них достаточно короткие записи. И ещё важно понимать, что чем больше людей, в том числе учёных, имеют доступ к базе, тем меньше к ней доверия. Вообще у любой информации есть степень достоверности. Если в базе данных кто-то написал без подробностей, что видел у пациента этот VUS, то это самый низкий уровень достоверности. У статьи в рецензируемом научном журнале уровень достоверности выше. Потому что какая-то лаборатория этот вариант нашла, что-то сделала, чтобы его подтвердить, написала статью, и совсем другие люди, неаффилированные с этой лабораторией, эту статью прочитали и проверили, прежде чем опубликовать в научном журнале.

Какие виды баз данных о вариантах встречаются?

Есть специфические базы данных по некоторым заболеваниям, например, по муковисцидозу. Есть базы данных по определенным генам. К примеру, по гену TTN. Это большой ген, в котором больше 300 экзонов, и из-за его размера сложно понять, может ли вариант повлиять на что-то в этом огромном белке, поэтому для него пришлось собрать отдельную базу данных вариантов и их описанных или предсказанных эффектов. А ещё есть базы с частотой вариантов среди здорового населения. Если вариант часто встречается среди здоровых людей, он вряд ли приводит к заболеванию, или с большой вероятностью уже описан и проверен другими лабораториями, так как из-за своей частоты нередко встречается у пациентов как часть причины заболевания. В России есть база данных с вариантами здоровых людей в российской популяции — RUSeq (http://ruseq.ru/#/) . Одним из ее создателей является Genetico.

У Genetico есть и внутренняя база данных, в которой собрана информация о частоте вариантов среди пациентов и здоровых людей. Когда мы встречаем вариант и узнаем про него что-то, например, с помощью дополнительных методов анализа (сегрегация варианта с заболеванием в семье, влияние на сплайсинг и прочее), то вносим эту информацию в базу. Если мы встретим этот вариант снова, уже будем знать о пациенте или семье с вариантом, даже если никто больше в мире не описывал этот VUS.

Кто отвечает за реклассификацию VUS?

Какого-то международного органа нет. Лаборатории, чаще всего большие, проводят исследования разных типов: систематический функциональный анализ, мета-анализ всех ранее опубликованных данных или что-то ещё^[1]. А затем пишут большую статью с разъяснением о влиянии варианта. Тем самым меняя представление о конкретном VUS в сообществе^[2].У нас в лаборатории были подобные случаи. Например, в международной базе был VUS, который мы реклассифицировали как доброкачественный вариант, потому что в российской популяции его частота свидетельствовала о вероятной доброкачественности. Во-вторых, был опыт реклассификации VUS в вероятно патогенный с помощью сегрегационного анализа семьи. Также был случай реклассификации ВУСа в вероятно патогенный с помощью функционального исследования мРНК гена.Кроме того, наша лаборатория участвовала в открытии новой связи гена с заболеванием. Если учесть, что уже больше 6 000 генов ассоциированы с заболеваниями, найти какой-то новый ген и подтвердить, что он связан с заболеванием, это редкость. Это случилось благодаря тому, что мы анализируем варианты не только в генах с известным фенотипом, но и умеем анализировать варианты в генах, для которых фенотип ещё не найден — в тех самых GUS.

Если в заключении появился VUS, что делать?

Если после секвенирования экзома или генома вы получаете заключение и в нём видите вариант неизвестного клинического значения, то лучше всего обратиться с этим заключением к врачу-генетику. Именно он сможет понять, что делать с VUS в конкретной ситуации в семье с учетом вашей цели исследования: диагностика заболевания для корректировки лечения, оценка прогноза заболевания, рождение здоровых детей, оценка рисков для ближайших членов семьи.Поэтому, когда в заключении есть VUS, первое, что нужно сделать, это прийти к врачу-генетику на консультацию и рассказать о результате, о своих планах, зачем был сдан анализ^[3].
Обязательно нужно принести это заключение, потому что в нем может содержаться дополнительная информация о технической стороне анализа, важная для оценки сложившейся ситуации. И тогда врач-генетик сможет предложить дальнейшие действия: как разобраться с этим непонятным вариантом.
Важно понимать, что на определение клинической значимости варианта влияет фенотип пациента, клинические проявления. Поэтому если для анализа было предоставлено мало клинической информации, то возможна низкая эффективность интерпретации, потомучто интерпретатор действует только в рамках предоставленной клинической информации.

Врач может предложить реинтерпретацию (повторный анализ) данных секвенирования?

Такое возможно. Потому что VUS в заключении означает, что причина не найдена, если мы говорим про причину заболевания.
Также важно помнить про цель исследования, потому что подходы к интерпретации ВУСов при поиске причины заболевания и при скрининге на носительство различаются. Если это был поиск причины заболевания, то, оценив состояние пациента и сопоставив с предложенным фенотипом, врач может рекомендовать реинтерпретацию. Особенно если экзом/геном был сдан давно. Потому что обновилась информация о связи генов и заболеваний, обновились рекомендации по клинической интерпретации данных, обновились биоинформатические инструменты для обработки сырых данных^[4]. При введении рутинного автоматического алгоритма по повторному анализу данных через заданное время (обычно более года) в лабораторную практику повышается эффективность выявления молекулярно-генетических причин заболеваний для тех пациентов, для которых ранее был обнаружен ВУС или не было найдено никаких вариантов-кандидатов^[5].

Что ещё может рекомендовать врач-генетик при VUS в заключении?

Дополнительные исследования для варианта с неизвестным клиническим значением могут быть разные, в зависимости от типа наследования, доступности различных членов семьи, наличия пробанда с признаками заболевания и доступности его биоматериала, необходимости в поиске второго варианта в этом же гене. Из-за технических особенностей метода секвенирования генома/экзома могут возникать сомнения в наличии варианта или в его статусе (гомозигота/гетерозигота/мозаичное состояние), что тоже требует дополнительной проверки другими методами. Врач выбирает необходимые анализы для проверки VUS-вариантов в зависимости от множества параметров, в том числе разрешающих возможностей различных методов или их ограничений.
Хороший врач-генетик обязательно расскажет, зачем нужно сдавать дополнительный анализ, кому нужно и какой биоматериал следует предоставить, а также что покажет или не покажет исследование. По результатам дополнительных анализов тоже лучше консультироваться с врачом-генетиком, так как разные особенности заболеваний (неполная пенетрантность, вариабельная экспрессивность и прочее) могут осложнить их интерпретацию неспециалисту.Иногда для VUS не остается ничего другого, кроме как перейти к стадии функционального анализа. Нередко это довольно сложное мероприятие. Даже на саму возможность проведения функционального анализа для конкретного варианта влияет множество факторов.
Это важно учитывать. Мы даже не знаем, возможен ли функциональный анализ для этого VUS, пока не изучим подробно этот вопрос. И это отдельное полноценное исследование: индивидуальное исследование возможности функционального анализа варианта с неизвестной клинической значимостью. В некоторых случаях подтвердить, что вариант приводит к заболеванию, оказывается очень непросто даже крупным исследовательским группам, поэтому подходить к этому вопросу стоит внимательно.

1. Walsh N, Cooper A, Dockery A, O’Byrne JJ. Variant reclassification and clinical implications. J Med Genet. 2024 Feb 21;61(3):207-211. doi: 10.1136/jmg-2023-109488. PMID: 38296635.
2. Saita C, Aruga T, Adachi M, Kumaki Y, Iwamoto N, Yonekura R, Nakatsugawa N, Inokuchi T, Ishiba T, Honda Y, Yamaguchi T. Germline variant of BRCA1 c.5332G>A has clinical features of hereditary breast and ovarian cancer syndrome. Int Cancer Conf J. 2021 Sep 22;11(1):12-16. doi: 10.1007/s13691-021-00512-z. PMID: 35127315; PMCID: PMC8787002.
3. Clift K, Macklin S, Halverson C, McCormick JB, Abu Dabrh AM, Hines S. Patients’ views on variants of uncertain significance across indications. J Community Genet. 2020 Apr;11(2):139-145. doi: 10.1007/s12687-019-00434-7. Epub 2019 Aug 20. PMID: 31432391; PMCID: PMC7062975.
4. Bullich G, Matalonga L, Pujadas M, Papakonstantinou A, Piscia D, Tonda R, Artuch R, Gallano P, Garrabou G, González JR, Grinberg D, Guitart M, Laurie S, Lázaro C, Luengo C, Martí R, Milà M, Ovelleiro D, Parra G, Pujol A, Tizzano E, Macaya A, Palau F, Ribes A, Pérez-Jurado LA, Beltran S; Undiagnosed Rare Disease Program of Catalonia (URD-Cat) Consortium. Systematic Collaborative Reanalysis of Genomic Data Improves Diagnostic Yield in Neurologic Rare Diseases. J Mol Diagn. 2022 May;24(5):529-542. doi: 10.1016/j.jmoldx.2022.02.003. PMID: 35569879.
5. Yauy K, Lecoquierre F, Baert-Desurmont S, Trost D, Boughalem A, Luscan A, Costa JM, Geromel V, Raymond L, Richard P, Coutant S, Broutin M, Lanos R, Fort Q, Cackowski S, Testard Q, Diallo A, Soirat N, Holder JM, Duforet-Frebourg N, Bouge AL, Beaumeunier S, Bertrand D, Audoux J, Genevieve D, Mesnard L, Nicolas G, Thevenon J, Philippe N. Genome Alert!: A standardized procedure for genomic variant reinterpretation and automated gene-phenotype reassessment in clinical routine. Genet Med. 2022 Jun;24(6):1316-1327. doi: 10.1016/j.gim.2022.02.008. Epub 2022 Mar 17. PMID: 35311657.